A parceria é fundamental para a funcionalidade do Programa Farmácia Popular. Todas as farmácias credenciadas no Programa Aqui tem Farmácia Popular se comprometeram com o Governo Federal a fornecerem os medicamentos listados gratuitamente. E isto só foi possível por meio de Termo de Acordo assinado com as associações representativas do setor varejista e a indústria produtiva.

O documento tem por objetivo estabelecer o compromisso disposto pelo Ministério da Saúde na portaria de nº184/11, onde o MS vai definir os valores de referência do elenco de medicamentos anti-hipertensivos e antidiabéticos pagos pelo órgão aos estabelecimentos credenciados, limitando o preço máximo de venda ao usuário. A participação das demais partes envolvidas é determinante para auxiliar na divulgação das regras entre seus associados, orientar e incentivar o segmento quanto à viabilidade da implantação do Programa no que se refere à logística, abastecimento e disponibilização gratuita dos medicamentos.